早稻田大學於1955年第一次為外國留學生實施日語教育，當初只有由教務部負責組織的補習班。語言教育研究所在1962年設立時，將日語教育工作移交給該研究所。此後，所有早稻田大學的日語教育均由該所日語部門掌管，不僅包括一般外國學生和國際部學生的教育，而且還包括了以日語作為母語的、並希望從事對外日語教育或研究日語為第二語言的學生。1988年4月，日語部門從語言教育研究所獨立，成為日語研究教育中心。此後，專門為了日語專業、日語教學專業的留學生、以及目前從事有關此方面工作的人們，本中心1990年以提高他們的日語能力為目的而開設了日語專修課程。

此外，本中心，一直為對日語與語言教育有興趣的本科生和研究生，提供日語語言學與對外日語教育的課程。本中心2000年4月還開設了有關日語教學的對外開放的新課程。